知网查重不识别目录的原因可能是由于目录结构特殊、格式不规范、编码问题等导致。目录结构特殊可能指的是嵌套层次过深、命名不规范等，这些因素会影响知网查重系统的识别。解决方法可以尝试调整目录结构，规范命名方式，确保格式统一，避免编码问题。

另外，确保目录中的文本内容清晰可读，避免特殊符号、乱码等情况，也是提高知网查重准确性的关键。同时，及时更新知网查重系统，保持系统版本是最新的，有助于解决一些识别问题。总的来说，细心处理目录结构和内容格式，保持系统更新，是解决知网查重不识别目录问题的有效途径。